La SAMFYC está dividida en secciones para un mejor funcionamiento de la misma:

- Vocalía de Docencia

- Vocalía de Investigación

- Vocalia de Residentes

- Vocalía de Empleo

- Vocalía de Urgencias

- Vocalía de enlace con OMC

- Vocalía de médicos jóvenes

- Vicepresidencia de Relaciones institucionales y prensa

- Vicepresidencia - Tesorería